最初に基本的なことですが、施工店を選ぶときに見るべきところは、

「コーティングを施工する環境と設備」
「技術者の経験と知識」
「多様な実績があるかどうか」

の三つです。そして、

たんに洗車が楽になれば良いのか
塗装面が保護され、ある程度の綺麗さを保てれば良いのか
コーティングならではの驚くような美観を求めるのか

など自分がコーティングに何を望んでいるのかも大切です。 まずこれらを念頭に置いて見ていきましょう。

販売店で、納車と同時にコーティングを勧められることも多いと思います。
ディーラーで行っているコーティングは、以前は外部のコーティングの技術者がディーラーまで出張してコーティングを行う場合と、専門店に外注して行う場合とがありました。今では、内製化していることが多いようです。
内製化している場合、技術者のレベルがまちまちで、また専門の設備が整っていないことがほとんどです。
場合によっては、屋外で施工している場合や、併設の整備工場内で施工することもあります。しかしコーティングの施工には温度管理や粉じん対策などが大事ですから、屋外や粉じん対策が出来ていない環境での施工などもってのほかでしょう。
（もちろんきちんとした作業環境を完備しているところもあると思いますので、どこで作業しているのかなど聞いてみるのも良いかもしれません）
さらに施工する技術者に専任のスタッフがいることは希で、営業さんが行ったり整備士さんが行ったりする場合が多いようです。これではDIYの延長のようなもので、仕上がりに不安が残ります。
外注している場合でも、予算枠が絞られるため、外注先の下請けでは十分な作業ができません。
また、コーティングは適切なメンテナンスをすることで耐久期間が変わりますが、販売店でコーティングを考慮した洗車やメンテナンスといったサービスを提供しているところは多くありません。
オプションの無料サービスとして提供しているケースもありまずが、車両価格の値引き率とトレードオフしている場合もあることから、コスト自体が不透明ではあります。
メリットとしては、車の購入時のローンにコーティングの予算を組み込めるということがあげられます。

ガソリンスタンドに併設されたコーティングショップが近年急速に増えてきました。
値段も手頃で設備も整っています。施工時間も短く、初めてコーティングを行う方にとっては手軽さが魅力でしょう。また、洗車やメンテナンスにも対応しています。
ただ、一見値段は手頃ですが、実は下地処理の一工程である磨き（塗装面の研磨）の工程は含まれていません（オプション扱い）。
コーティングすることで小傷を埋めるという方法を採用しているからです。たしかに太陽光で見た限りではそういった小傷は見えづらいのは事実ですから、美観をそれほど気にされる方でない限りは気にならないと思います。
ですが人間の感覚というのは不思議で、きちんとした磨きをした場合と比べると美観面で大きく違って見えます。
磨きの技術は一様には身につきません。一度フランチャイズ店などで研磨を含めてコーティングされた方が、その後プロショップへと依頼するケースは意外と多いのですが、これは磨きの技術に差があることの証拠でしょう。
また、フランチャイズならではの画一なやり方で一定の品質は保っており、それは良い面でもありますが、反面、どのような車にも一様のやり方で行うことを意味しますので、細かい要望に応えられるかどうかは難しいところです。

プロショップといっても、きちんとした設備を持っているところもあれば、ガレージの一隅で施工しているところもあり、一様ではありませんが、ここではきちんとした設備を持ち、多様なコーティングを扱うことができる、経験や実績のあるコーティング専門店のことをプロショップとします。
プロショップでは、塗装面の傷などの状態を見極めるための特殊照明、粉じん対策と温度管理のできる密閉された施工スペースといった設備を整えています。
また、様々な車種やコンディションなど幅広い施工経験があり、コーティング剤の種類も多く経験しています。
そのため、確実に高品質のコーティングが可能です。
また一番差がでてくるのは磨きの技術です。塗装の種類、色の違い、小傷の具合といったコンディションを見極め、適切に塗装下地を整えるには、多くの経験が必要になってきます。これはなかなか一様にマニュアル化できない技術です。
美観の維持、塗装面の保護、といったコーティングの役割を最大限引き出すのがプロショップといえます。
艶の具合、撥水か超発水か親水かといったお客さまの要望に細かく答えられるのもプロショップならではでしょう。
マニアックな要望にも応えられる知識と技術があります。
服で例えれば、フランチャイズ店が量販店であるなら、プロショップはオーダーメイドのテーラーのようなものです。
そのぶん施工時間もかかり、コストも高い場合が多く、お手軽とは言えません。
ただ、プロショップのなかでもエントリー向けのサービスを提供しているところもありますので、色々と見てみると良いと思います。
もちろん、ほとんどのプロショップではメンテナンスや洗車も対応しています。